Stellenangebot

Research Associate ("PhD position") at the University Medicine Greifswald

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist nach Vereinbarung, zum 01.01.20212 die Stelle eines

Wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen/Mitarbeiter („Doktorandenstelle“)
(E13 TV-L, 65 %)

Am Institut für Bioinformatik der Universitätsmedizin Greifswald ist eine befristete Stelle über 3 Jahre zu dem Thema „ML approaches for integrative Multi-Omics“ zu besetzen. Das Projekt umfasst die Analyse von „Single-Cell Sequencing“, „Microbiome“ und „Mutational Signatures“ in Transkriptom- und Genom-Datensätzen. Neben der Auswertung von Hochdurchsatz-Datensätzen und deren Normalisierung geht es auch um Post-Hoc Analysen zur funktionellen Analyse und Identifizierung von Markergenen und deren Verknüpfung zu klinischen Daten und Umwelteinflüssen. Hierbei ist die Anwendung verschiedener Analysetools und deren Visualisierung und Aufbereitung ein Schwerpunkt.

Ihre Aufgaben:
• Analyse von Single-Cell Sequencing Datensätzen
• Analyse von Microbiom Datensätzen
• Analyse von Regulatorischen Zusammenhängen on Transkriptom und Genomischen Signaturen
• Anwendung und Erstellung von R und Python Skripten zur Analyse und statistischen Auswertung
• Gene Set Enrichment und Pathway-Analysen

Unsere Anforderungen:
• Umgang mit Next Generation Sequencing Datensätzen (im besten Falle „Single-Cell Sequencing“)
• Übung in der Programmierung mit R und/oder Python
• Erfahrung in statistischer Auswertung
• Selbständiges Erarbeiten biologischer Hypothesen und Fragestellungen
• Erste Erfahrungen mit Maschinellen Lernmethoden
• abgeschlossenes Studium (Diplom oder Master) in Bioinformatik oder einem verwandten Studiengang

Aussagekräftige Bewerbungen mit allen relevanten Unterlagen bitte per E-Mail bis zum 10.12.2021 an Herrn Prof. Dr. Stefan Simm, Universitätsmedizin Greifswald, Institut für Bioinformatik (E-Mail bitte an das Sekretariat: bioinformatik{at}uni-greifswald.de oder persönlich: stefan.simm{at}uni-greifswald.de).
Adresse: Center for functional Genomics of Microbes, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17475 Greifswald

English Version:
At the Institute for Bioinformatics of the University Medical Center Greifswald in the working group Applied Bioinformatics are by agreement, at the 01.01.2022 the position of a
Research Associate ("PhD position")
(E13 TV-L, 65%)
At the Institute for Bioinformatics at the University Medical Center Greifswald, a temporary position for 3 years on the topic of "ML approaches for integrative multi-omics" is to be filled. The project includes the analysis of "Single-Cell Sequencing", "Microbiome" and "Mutational Signatures" in transcriptome and genome data sets. In addition to the evaluation of high-throughput data sets and their normalization, it is also about post-hoc analyzes for the functional analysis and identification of marker genes and their linkage to clinical data and environmental influences. The application of various analysis tools and their visualization and processing is a focus here.

Your tasks:
• Analysis of single-cell sequencing data sets
• Analysis of microbiome datasets
• Analysis of regulatory relationships between transcriptomes and genomic signatures
• Application and creation of R and Python scripts for analysis and statistical evaluation
• Gene Set Enrichment and Pathway Analysis

Our requirements:
• Handling of next generation sequencing data sets (in the best case "single-cell sequencing")
• Exercise in programming with R and / or Python
• Experience in statistical analysis
• Independent development of biological hypotheses and questions
• First experiences with machine learning methods
• Completed degree (diploma or master's) in bioinformatics or a related course

Informative applications with all relevant documents please send by e-mail to 10.12.2021 to Prof. Dr. Stefan Simm, University Medical Center Greifswald, Institute of Bioinformatics (E-Mail to the secretariat: bioinformatik{at} uni-greifswald.de or in personal: stefan.simm{at}uni-greifswald.de).
Address: Center for functional Genomics of Microbes, Felix-Hausdorff-Str. 8, 17475 Greifswald

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